首先是噪音问题。
研究及生产实践都表明，气流速度越高，所获得的产品越细。当要获得超细产品时，气流的速度必须超音速。噪声使人精力不能集中，注意力分散，往往易导致事故发生。由于气流粉碎机本身结构特殊，对消声器的结构设计提出了十分严格的要求。目前通常在出料口处接多级旋风分离器和大的除尘设备以及抽风机等辅助设备。
其次是超音速气流粉碎机制造超细粉体的安全问题。
包括可能导致呼吸性尘肺病和粉尘爆炸。超音速气流粉碎机碎样所得的粉尘粒径基本在5μm以下，对人体的危害最大。超音速气流粉碎机碎样操作者患尘肺职业病的几率会明显增加。同时粉尘大规模地散布于空气中，还有可能发生粉尘爆炸。目前四川巨子粉体设备有限公司在气流粉碎机安全防爆方面具有独特技术优势。
